La ciudad de Raccoon tiene miedo, la gente no se atreve a salir a las calles por la noche, casos de histeria colapsan hospitales y salas de urgencia y el cuerpo de policía no da abasto con todas las exigencias de la población. Todo esto es debido a una serie de misteriosos sucesos, misteriosos y aterradores. Como relatan algunos testigos, "criaturas devoradoras de hombres" atacan a los ciudadanos en actos de extrema e irracional violencia.

Ante esta situación las autoridades, desbordadas por el tamaño de la problemática, reclaman la puesta en marcha del equipo S.T.A.R.S. Una unidad de élite que se encarga de todo tipo de misiones especiales y que a priori estaría capacitada para solucionar esta peliaguda tarea.

De esta manera el equipo Bravo, primera avanzadilla de los S.T.A.R.S, se pone en marcha desconociendo del todo lo que se les viene encima. El helicóptero en el que viajaban sufre una avería y se ve obligado a aterrizar en un tenebroso bosque, cerca de un tren inmóvil. Así comienza la pesadilla para uno de los dos personajes principales del título, Rebecca Chambers, una joven recién incorporada al servicio. Por otro lado un antiguo Marine de los E.E.U.U condenado a muerte por el asesinato de nada más y nada menos que 23 personas consigue eludir su encuentro con la silla eléctrica al sufrir un accidente el furgón en el que viajaba. Él es Billy Coen y pronto dará con sus huesos en el mismo tren que la inexperta Rebecca. Los dos se verán obligados a formar un controvertido tandem para poder salvar así sus vidas de la pesadilla que les acontece.

La disciplina, la inteligencia y la meticulosidad de Rebecca junto a la fuerza física, la experiencia en combate y el instinto de "cazador" de Billy. Unidos por la fuerza para el bien de la comunidad, Resident Evil Zero emula el dicho La unión hace la fuerza, de manera que a lo largo de la aventura deberemos explotar las aptitudes de cada personaje según la situación lo requiera. Eludiendo el encasillamiento del jugador en un solo rol, Resident Evil Zero nos permite ir alternando de jugador en pos de una mayor versatilidad y dinamicidad.